La legge di riforma dell'istruzione musicale superiore (L. 508/1999), allo scopo di adeguare il sistema italiano agli standard europei aveva stabilito (art. 5) che [anche i conservatori] "rilasciano specifici diplomi accademici di primo e secondo livello, nonché di perfezionamento, di specializzazione e di formazione alla ricerca in campo artistico e musicale".
Il Biennio di II livello rappresenta pertanto il gradino successivo rispetto al Triennio di I livello; è un percorso formativo parallelo alla Laurea magistrale dell'Università e conduce ad un Diploma Accademico di secondo livello in Discipline musicali.
Possono iscriversi al Biennio gli studenti che siano in possesso del Diploma accademico di primo livello, oppure del vecchio Diploma di Conservatorio (e di un Diploma di scuola secondaria superiore), o di una Laurea.

Per accedere ai corsi è necessario sostenere un esame di ammissione, sulla base del quale verrà redatta una graduatoria di merito; a seconda della posizione raggiunta nella graduatoria e del numero di posti disponibili lo studente verrà ammesso ai corsi.
La commissione terrà conto, nella valutazione dello studente che intende iscriversi al Biennio, anche del suo percorso artistico-formativo, assegnando eventuali debiti o crediti: ad esempio, lo studente che fosse in possesso del vecchio diploma di conservatorio dovrebbe colmare dei debiti (che varranno accertati e definiti) entro il primo anno di iscrizione; chi avesse una attività artistica o di ricerca, troverà riconosciuta tale attività attraverso la concessione di crediti.

Il percorso formativo è organizzato secondo un sistema di crediti corrispondente agli standard europei: ogni anno di studio prevede il raggiungimento di 60 crediti; per conseguire il diploma è dunque necessario averne ottenuti 120 (60 crediti all'anno per due anni).

Il Biennio, così come è organizzato presso il Conservatorio di Pesaro, cerca di dare ampio spazio alle scelte individuali dello studente, sia nella formulazione dei piani di studi, sia nella scelta del docente; dà inoltre ampio spazio a forme di insegnamento che prevedono la collaborazione fra docenti.
Per informazioni più dettagliate in generale, e in particolare su requisiti di ammissione, obblighi di frequenza e suddivisione delle materie si rimanda al Regolamento.